Los abogados defensores de seis militares habían acudido a la Sala de lo Penal para que no permitiera reabrir el caso por considerar que es un hecho juzgado, que no son delitos de lesa humanidad y porque la acción penal ya está prescrita.
Abogados como Lisandro Quintanilla habían presentado el recurso de casación porque a su juicio el caso no podía seguirse conociendo en el juzgado.
Previo a esta decisión, los magistrados Leonardo Ramírez Murcia y Doris Luz Rivas, de la Sala de lo Penal, fueron recusados para que no conocieran sobre este caso de la masacre de los seis jesuitas y dos colaboradoras asesinadas el 16 de noviembre de 1989.
Por la masacre de los jesuitas, el 11 de septiembre de 2020, la sección segunda de la Sala de lo Penal de España, condenó al excoronel Orlando Inocente Montano, a 133 años por la masacre de cinco jesuitas españoles en la residencia de la UCA y también lo declaró responsable de los homicidios en contra de las tres víctimas salvadoreñas.
Los votos de los magistrados: José Roberto Argueta Manzano y Juan Manuel Bolaños Sandoval fueron claves para el cierre del proceso penal de la masacre de los jesuitas.
Por su parte, David Morales, quien fue Procurador de Derechos Humanos, se refirió al caso señalando en Twitter a los magistrados que inclinaron la balanza para el cierre del proceso penal:
«Ganamos el caso, anularon la sentencia de apelación que confirmaba lo actuado por el juez tercero de Paz al reabrir un caso fenecido y prescrito», afirmó por su parte Lisandro Quintanilla abogado defensor de los militares involucrados.
Los representantes de la Universidad Centroamericana “José Simeón Cañas” (UCA) ofrecieron inmediatamente su reacción en redes sociales: “Sala de lo Penal ordenó que no se investiguen a los señalados como autores intelectuales de la Masacre de la UCA. Esta decisión irrespeta lo resuelto por la Sala de lo Constitucional sobre la Ley de Amnistía”, dijo en su cuenta de Twitter, Arnau Baulenas, quien trabaja para el Instituto de Derechos Humanos de la UCA.
Mientras que José María Tojeira, exrector de ese centro de estudios superiores, reaccionó de esta manera en su cuenta de Twitter:
En 2017 fue el año que se ordenó reabrir el caso de la masacre de los seis jesuitas y de dos mujeres, esto a raíz de la anulación de una ley de amnistía de 1993 y a petición de la Universidad Centroamericana “José Simeón Cañas” (UCA) a una corte de paz salvadoreña. Sin embargo, la solicitud fue retrasada por diversos recursos presentados por la defensa al comienzo de las diligencias de la Fiscalía General de la República (FGR).
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La madrugada del 16 de noviembre de 1989, en medio de la mayor ofensiva guerrillera registrada durante la guerra civil salvadoreña (1980-1992), un comando de soldados de elite mató a los religiosos en el campus de la UCA.