Las lluvias torrenciales han desbordado ríos e inundado casas y granjas en ocho de los diez estados del país, según OCHA.
Los socorristas usan canoas y botes para llegar a las poblaciones aisladas.
Dos tercios de las personas de las zonas afectadas están en riesgo de hambruna porque los precios de los alimentos subieron un 15% desde agosto, agregó la agencia de la ONU.
«Colegios, casas, infraestructuras sanitarias y fuentes de agua están inundadas, lo que afecta al acceso de la población a los servicios básicos», dijo.
Algunas familias han podido huir de sus casas hacia la capital, Juba, y otras se hallan en refugios improvisados a lo largo de las carreteras con las pocas posesiones que pudieron salvar.
En algunas zonas del país, la violencia entre comunidades ha obligado a decenas de miles de personas a abandonar sus viviendas, lo que complica los esfuerzos de socorristas para ayudar a los habitantes.
El año pasado, inundaciones récord afectaron a unas 700,000 personas en el país más joven del mundo, independiente desde 2011.
De ellas, 100,000 no han podido regresar a sus lugares de origen, según OCHA.
La falta de dinero agrava la situación.
El mes pasado, OCHA alertó de dificultades financieras y afirmó que solo recibió el 54% de los 1,700 millones de dólares (1.450 millones de euros) necesarios para financiar programas en el país.
El Programa Mundial de Alimentos (PMA) de Naciones Unidas anunció a mediados de septiembre que se vio obligado a suspender la ayuda alimentaria a 100,000 personas, por carencia de fondos.
Más del 82% de los 11 millones de habitantes de Sudán del Sur viven bajo el umbral de la pobreza, según el Banco Mundial, y 60% de su población sufre hambre debido a los conflictos, sequías e inundaciones.
