En 2007, el Tribunal Arbitral del Deporte, TAS, por sus siglas en español, condenó a Alianza a dos torneos sin poder contratar nuevos jugadores y a pagar un monto, como indemnización, al volante colombiano Jhon Marulanda, quien demandó a los albos en ese tribunal internacional con sede en Suiza.
El cafetero se lesionó en 2005 cuando jugaba para Alianza y luego requirió sufragar gestos médicos, pero en ese momento el equipo capitalino estaba en cambio de mando en lo administrativo.
La antigua dirigencia, encabezada por Ricardo Padilla, que fue la que lo contrató, se desliga de cualquier responsabilidad y dejó todo en manos de la nueva directiva, encabezada por Ernesto y Ricardo Sol Meza.
Ahora, tras la desgracia del sábado, en el Cuscatlán, que tuvo como triste epílogo a 12 fallecidos, la comisión disciplinaria de la Fesfut resolvió que Alianza deberá jugar un año sin público, en partidos como local, y pierde el partido de vuelta de cuartos de final ante FAS, por 0-2. A eso se suma una multa de $30,000.
Dieciséis años después, Alianza vuelve a recibir una fuerte sanción en lo administrativo y deportivo.
