La investigación final que contiene todas las pruebas recopiladas sobre la masacre de los seis sacerdotes jesuitas y dos de sus colaboradoras, el 16 de noviembre del año 1989, señala que Alfredo Félix Cristiani Burkard, quien llegó a la presidencia con la bandera de ARENA, estuvo presente en las dos reuniones previas efectuadas por los altos mandos de la Fuerza Armada en las cuales se planificó la forma en la que se realizaría la operación y la estrategia militar a utilizar.
En el dictamen de acusación (documento que contiene todas las pesquisas), fiscales de la Unidad de Investigación de delitos cometidos durante el conflicto armado detallan que Cristiani en su calidad de comandante general de la Fuerza Armada tenía el control y dominio del hecho y aunque pudo dar una contraorden para frenar la masacre, no lo hizo.
Incluso horas antes de la masacre y sabiendo del plan criminal orquestado por un aparato organizado de poder altamente jerarquizado y estructurado, del cual formaba parte, sostuvo una fluida comunicación con el entonces rector de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA), Ignacio Ellacuría Beascoechea.
Entre las llamadas, la Fiscalía destaca una en la cual Cristiani le dijo a Ellacuría que no se preocupara por el registro en UCA y le pidió permaneciera tranquilo y en el lugar, a todo eso, la orden de asesinarlo y no dejar testigos ya había sido dada y el expresidente prófugo nunca dio una contraorden para detener el crimen.
El 13 de noviembre de 1989, cuando Cristiani llegó al Estado Mayor Conjunto de la Fuerza Armada, el coronel René Emilio Ponce, jefe de esa sede, le informó que había ordenado que una compañía de comandos del Batallón de Infantería de Reacción Inmediata Atlacatl se desplazara desde la sede en San Juan Opico para apoyar las acciones de seguridad del complejo militar y que se ejecutaba un cateo en las instalaciones de la UCA.
Dos días después, a eso de las 6:30 de la tarde en una segunda reunión en el Estado Mayor Conjunto convocada por el entonces ministro de Defensa Rafael Humberto Larios López se decidieron las medidas a implementar a partir de la 1:00 de la madrugada del 16 de noviembre, entre ellas la incursión en la UCA.
Estando instalada esa reunión se tomó un receso para esperar la llegada de Cristiani para informarle sobre las decisiones tomadas ya que como comandante general de la Fuerza Armada podría aprobar, desaprobar o modificar las acciones militares.
El expresidente luego de recibir una llamada telefónica del general Larios López llegó a eso de las 11:00 de la noche para reunirse con los coroneles Juan Orlando Zepeda, Inocente Orlando Montano y René Emilio Ponce para darle parte de las acciones militares acordadas. Cristiani se retiró aproximadamente a las 2:00 de la madrugada del 16 de noviembre, el alto mando esperaba de él una contraorden, pero como no la hubo, significó que estaba de acuerdo, así lo menciona la Fiscalía en el dictamen de acusación.
En la Escuela Militar, el director de esa sede, el coronel Guillermo Alfredo Benavides Moreno hizo del conocimiento a sus oficiales y al Batallón Atlacatl, que desde El Estado Mayor en una reunión (en la que estuvo Cristiani) se había recibido la orden de «eliminar a Ellacuría sin dejar testigos».
Luego de masacrar a los jesuitas les robaron un maletón con fotografías, documentos y dinero, pero el general Ponce ordenó destruirlo porque era prueba de responsabilidad de la Fuerza Armada.
Mientras que el coronel Benavides y el subdirector de la Escuela Militar, mayor Carlos Camilo Hernández ordenaron quemar todos los libros de registro de la Escuela Militar de los años 1988 y 1989.
Cuando una comisión de honor comenzó a indagar lo ocurrido en la UCA, los tenientes José Ricardo Espinoza Guerra, comandante de la compañía de comandos del Batallón Atlacatl y Yusshy René Mendoza; así como el subteniente Gonzalo Guevara Cerritos, confesaron que Rodolfo Antonio Parker Soto, quien fungía como asesor jurídico del Estado Mayor alteró las declaraciones.
Parker Soto lo que hizo fue suprimir la existencia de órdenes superiores y destruyó documentos que incriminaban a oficiales y al expresidente Cristiani.
Los acusados
1 Alfredo Félix Cristiani Burkard
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
2 Juan Rafael Bustillo Toledo
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
3 Juan Orlando Zepeda Herrera.
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
4 Rafael Humberto Larios López.
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
5 Carlos Camilo Hernández
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
6 Nelson Iván López López
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
7 Joaquín Arnoldo Cerna Flores
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
8 Inocente Orlando Montano Morales
Delitos: asesinato, actos de terrorismo y proposición y conspiración para actos de terrorismo.
9 Rodolfo Antonio Parker Soto
Delitos: fraude procesal y encubrimiento personal.
10 Óscar Alberto León Linares
Delitos: fraude procesal y encubrimiento personal.
11 Manuel Antonio Ermenegildo Rivas Mejía
Delitos: fraude procesal y encubrimiento personal.
