Los partidos ARENA y FMLN gobernaron el país por 30 años, pero fueron incapaces de reparar a las víctimas del conflicto armado y aprobar una ley que garantizara la verdad, la justicia y la seguridad de no repetición de los crímenes de guerra y lesa humanidad.
Incluso el Estado salvadoreño fue condenado el 25 de octubre de 2012 (durante la presidencia del ahora prófugo Mauricio Funes) por la Corte Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) por la violación de derechos en la masacre de El Mozote, en Meanguera, Morazán.
Ese crimen de lesa humanidad — uno de los más sangrientos durante el conflicto armado y en toda la región por las más de 1,000 víctimas— fue perpetrado entre el 11 y el 13 de diciembre de 1981 por el Batallón Atlacatl, unidad élite y de reacción inmediata de la vieja Fuerza Armada, la cual fue equipada y entrenada por Estados Unidos.

A causa de esa sentencia de la CIDH, Funes viajó en 2012 hacia El Mozote y, en nombre del Estado salvadoreño, pidió perdón a las víctimas de la masacre. Además, se comprometió a iniciar un proceso de reparación que incluía el levantamiento de un censo para precisar el número de muertos, declarar la zona como bien cultural y desarrollar programas de salud para las víctimas.
Esas acciones fueron bien vistas en aquel momento por la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA); sin embargo, esta misma criticó —según se consigna en el artículo «El Mozote: verdad, justicia y reparación», publicado en 2012— que el mandatario no se comprometió con abrir los archivos de la Fuerza Armada para esclarecer esa masacre.
Debido a que Mauricio Funes (primer presidente del FMLN) no cumplió con ese aspecto, el presidente Nayib Bukele anunció el 24 de septiembre de 2020, en cadena nacional de radio y televisión, la desclasificación de los archivos militares relacionados con la masacre.
El 23 de octubre de ese mismo año, Bukele cuestionó que el FMLN utilizó políticamente el suceso de la masacre, pero no garantizó el derecho a la verdad de las víctimas.

«¿No es extraño que el FMLN nunca desclasificó los pocos documentos que aún existen (como las cinco cajas de documentos que hemos desclasificado nosotros) y que nunca denunció la destrucción de los documentos principales?», escribió el mandatario en Twitter.
Además de anunciar la desclasificación de los archivos militares, el mandatario viajó al caserío El Mozote en diciembre de 2021 y, como parte de las acciones de reparación (que no hicieron los gobiernos de ARENA y del FMLN), anunció la construcción Oportunidades (CUBO), una delegación policial, la instalación del sistema de aguas negras e iluminación de la zona y la entrega de becas universitarias a los jóvenes. Además, la Dirección Nacional de Obras Municipales (DOM) comenzó la construcción y reparación de 15,000 metros cuadrados de calles del caserío El Mozote y lugares aledaños a la masacre, como El Pinalito, Jocote Amarillo y Toriles.
En seguimiento a la reparación de las víctimas, el 10 de diciembre pasado, Bukele anunció la entrega de la primera de las cuatro fases de la inversión pública por $28 millones que prometió hacer cuando visitó El Mozote en 2021. El gobernante criticó nuevamente al FMLN por haber dejado abandonadas a las víctimas de la masacre.
«El FMLN les decía a los habitantes de El Mozote que su lucha era por ellos. Luego llegó al poder y gobernó durante una década, pero jamás hizo nada por ellos… Ahora que nosotros estamos haciendo algo nos critica. Cínicos», señaló el gobernante.
Además de condenar al Estado salvadoreño por la violación de derechos humanos, la sentencia de la CIDH planteó que la Ley de Amnistía General para la Consolidación de la Paz, de 1993, impedía el acceso a la verdad, la justicia, la reparación y las garantías de no repetición de las violaciones a derechos humanos.
Cuando la CIDH condenó al Estado, el FMLN tenía en la Asamblea Legislativa la mayoría calificada (56 de los 84 votos), junto a los partidos GANA, PCN, PDC y Cambio Democrático; sin embargo, nunca promovió la derogación de esa ley de amnistía, aprobada días después de que fue publicado el informe de la Comisión de la Verdad de la Organización de las Naciones Unidas (ONU).
El 13 de julio de 2016, la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia (CSJ) declaró inconstitucional dicha normativa y abrió las puertas a la justicia y la verdad para las víctimas. No obstante, la legislatura 2018- 2021 intentó, en al menos tres oportunidades, aprobar una nueva ley para impedir el encarcelamiento de los responsables de los crímenes de la guerra.
La legislatura 2021-2024, con mayoría calificada de Nuevas Ideas, tiene en estudio un anteproyecto de ley para garantizar la justicia a las víctimas. Por su parte, la procuradora de derechos humanos, Raquel Caballero de Guevara, informó el 10 de diciembre pasado que iniciará una amplia consulta para construir, por consenso, un proyecto de ley de justicia transicional y restaurativa de las víctimas del conflicto que luego presentará a la Asamblea Legislativa para su estudio.