El periplo que ha atravesado nuestro Palacio Nacional desde su fundación en el siglo XIX hasta que fue proclamado monumento nacional a finales del siglo XX es muy rico en historia. Para comprender mejor es necesario hacer una cronología del proceso que se realizó para su construcción, dividido en la historia del primer y del segundo Palacio Nacional.
En 1841, posterior a la extinción de la República Federal de Centroamérica, se fundó el Estado del Salvador, el cual careció de varias instancias, jefaturas, personal, y sobre todo de la infraestructura necesaria para albergar el poder político; es así como a lo largo de muchas décadas las autoridades del país carecieron de un edificio propio donde alojarse y ejecutar sus atribuciones constitucionales; por lo tanto, durante el Gobierno del capitán general Gerardo Barrios (1858) surgió el proyecto de edificar un Palacio Nacional.
A pesar de que fue Barrios el gestor de la idea, no se realizó en su período de gobierno, sino en el de su opositor Francisco Dueñas (presidente de la república en 1851, 1856, 1863-1871), el cual mandó a que se iniciara la construcción el 15 de enero de 1866 destinando un saldo inicial de 50,000 pesos, según el decreto legislativo del 8 de febrero de 1865, pero su costo total fue más de 130,000 pesos.
Lo primero que se hizo fue comprar y demoler las «casas de desagradable aspecto ubicadas en la manzana donde estaría el palacio», como lo había planeado Barrios; en este punto podemos apreciar cómo a pesar de ser dos enemigos políticos irreconciliables —e incluso debemos recordar que Dueñas dio la orden para el fusilamiento del capitán general— la idea de un Palacio Nacional era una prioridad en las decisiones estatales.
El Palacio Nacional estaría destinado a las oficinas de la Asamblea Legislativa, Corte Suprema de Justicia, oficinas del Registro de Propiedad y el Ministerio de Gobernación; además, se buscaba llamar la atención a los viajeros y países extranjeros, asimismo sería el edificio número uno en notoriedad, hermosura y se convertiría en el monumento que probaría la ilustración, el honor y la marcha progresista de esa administración estatal que se denominaba regeneradora de la República del Salvador; por estas razones, las cámaras Legislativa y Ejecutiva dispusieron que el edificio del Palacio se construyera.
Los artesanos salvadoreños Idelfonso Martínez y José Dolores Melara (1847-1934) fueron los encargados de llevar a cabo la construcción del Palacio Nacional, iniciando el 15 de enero de 1866; en el proyecto se había destinado que el edificio constaría de dos pisos, el primero de mampostería y el segundo de madera y lámina metálica; tendría una fachada de 96 varas de longitud dividida en tres cuerpos con el frente mirando a la plaza Santo Domingo (hoy plaza Barrios), se haría una fundamentación de piedras para las columnas y paredes de dos varas de profundidad, tendría un reloj hecho en Europa que se colocaría en la torre de la puerta principal, un faro que iluminaría la Plaza Santo Domingo y una campana; además, la Plaza Santo Domingo pasaría a llamarse Plaza de Armas y se colocarían árboles y asientos para combinar con la fachada del palacio.
Se procedió a la extracción de las piedras que servirían para la base de las columnas; para trasportarlas se necesitó construir un camino especial y mucha mano de obra; es así como para el verano de 1867 se esperaba dejar terminado el primer frente de 100 yardas y ya se tenía el reloj europeo que llegó al puerto de La Libertad. El proceso de construcción del Palacio Nacional fue un espectáculo para todos los transeúntes, igualmente era aprobado por los intelectuales de la época.
Tardaron cuatro años en construirlo (1866-1870), ya que para el 19 de enero de 1870 se estaban bendiciendo las obras por el obispo Dr. Miguel Tomás Pineda y Saldaña. En su época, el Palacio Nacional fue el más importante edificio de la república y tenía como ornamento de su fachada principal la Plaza de Armas, la cual estaba muy iluminada, con árboles, asientos, y todos los lunes se ofrecían conciertos gracias a la orquesta militar.
Se colocaron glorietas para mayor comodidad de los paseantes y se demolió la pileta que estaba en el centro de la plaza para construir una fuente con una estatua de mármol, un contorno de flores y un enverjado de hierro traído de Europa.
Sin embargo, el 19 de marzo de 1873 ocurrió un terremoto, el cual dañó severamente el Palacio Nacional, teniendo que ser cerrado y sometido a reparación hasta su reinauguración a principios de 1875 por el mariscal Santiago González como presidente del país.
En la administración del general Francisco Menéndez el primer Palacio Nacional fue totalmente destruido por un incendio el 19 de noviembre de 1889, incinerándose el archivo histórico nacional, obras de arte del escultor Pascasio González y del pintor Francisco Wenceslao Cisneros, la labor administrativa del Ministerio de Gobernación, la Corte Suprema de Justicia, cámaras de segunda y tercera instancia de la Contaduría Mayor y del Juzgado General de Hacienda, archivos de la Oficina de Registro de la Propiedad, Archivo Colonial, Archivo Federal, etcétera. Lo único que se salvó fue la Tesorería General.
El incendio inició poco antes de la medianoche en el piso alto del lado poniente del edificio. «El fuego se propagó con tal rapidez como si se le hubiese aplicado combustible, provocando que en minutos todo el palacio ardiera sin poder detenerlo». Dos horas después se consumió todo. Además de la destrucción del edificio y de las obras artísticas, «pudo ser que varios crímenes y litigios quedaron anulados por la falta de documentación para confrontarlos y sustentarlos».
La destrucción del Palacio Nacional fue un hecho que desmoralizó a una buena parte de la población salvadoreña, ya que se perdió la historia del país desde la Colonia hasta el 19 de noviembre de 1889, y aún en nuestra época la falta de esa documentación es sentida por los historiadores salvadoreños.