San Juan Nonualco está compuesto por seis barrios y en cada uno de ellos se ha construido una ermita: San Antonio, San José, Santa Rita, Concepción, El Centro y El Calvario, que constituye el centro de la fe de los moradores.
Uno de los patronos se encuentra en la iglesia del barrio El Calvario, templo que se abre cada viernes para la visita del «Señor de la Caridad», donde acuden devotos a pedir milagros.
La iglesia San Juan Bautista fue construida en torno a la figura del fraile Cosme Spessotto, un franciscano de origen italiano. Según la historia, Spessotto fue quien, gracias a gestiones nacionales y extranjeras, hizo que se construyera una nueva iglesia, ya que la anterior se encontraba en ruinas. Afuera del templo se encuentra una placa de gratitud por la labor religiosa, cultural y material realizado por el párroco, entre los años 1953 y 1978.
A la par de esta iglesia está una plaza en su nombre, ya que el fraile promovió la educación y motivó a los jóvenes con vocaciones religiosas y sacerdotales a integrarse a la iglesia. Creó una escuela parroquial en 1966 y fue el único que implementó un viñedo en el municipio. Algo poco común, ya que este fruto sólo se cultiva en ambientes fríos.
El sacerdote fue asesinado en 1980 «por defender a la población humilde ante las injusticias que acontecían en El Salvador durante el periodo de la guerra civil». En 2019, el vaticano anunció la beatificación del fraile, que espera celebrarse de forma pública y masiva cuando las condiciones lo permitan.
La ciudad destaca por su riqueza cultural. Algunas de las festividades más importantes son:
El Día de la Cruz. Se realiza entre el primero y cuatro de mayo. Dentro de esta celebración se presenta la danza del Tigre y el Venado, que mezcla el Día de la Cruz con las fiestas patronales en honor al Señor de la Caridad. La fiesta se desarrolla acompañada del tambor, las palancas y la danza de los personajes ya mencionados.
La danza del Tigre y el Venado. Un tigre ha cazado a un venado y entonces dos cazadores «La vieja y el viejo» dan persecución al felino, quienes terminan por capturarlo y matarlo. Posterior se reparten las partes internas de cada animal a diferentes familias. Se cree que este baile tiene influencia en la preparación de la chanfaina.
Las palancas. Con varas rústicas de bambú, de cuatro metros de largo, se forma una cruz donde se cuelgan frutas y flores que se dan en la época de abril a mayo. Las palancas están a cargo del mayordomo y una «Tonantzin», quienes son los encargados de realizar la cofradía cada año. Las palancas son paseadas por los diferentes barrios, acompañada por melodías populares y por la mascarada del tigre y el venado. Las palancas coinciden con el Día de la Cruz, al inicio de mayo.
Peleas de toritos. Esta tradición se realiza 40 días después del fallecimiento de Jesucristo, a partir de Semana Santa, y consiste en hacer toros con un bejuco conocido en la zona como «chupa-chupa» o «chupa miel» y cada toro utiliza cachos de reses muertas. Los toros representan a cada barrio que se enfrentan entre sí. El vencedor se lleva diferentes premios.