El exdiputado Rodolfo Parker, no aparece acusado en el proceso que el Juzgado Tercero de Paz de San Salvador deberá activar, pero tras ser mencionado por el exteniente Yusshy René Mendoza, de haber eliminado información de la masacre, el fiscal Rodolfo Delgado, dijo en noviembre de 2021 que se iba investigar a los encubridores.
Los señalamientos en contra del exsecretario general del PDC, cobraron fuerza cuando el 8 de julio de 2020, durante el juicio contra el coronel Inocente Orlando Montano, el teniente retirado Mendoza declaró que desde el inicio las pesquisas en la masacre de los jesuitas fueron afectadas.
Sostuvo que asesores que habían sido contratados, entre ellos Parker como abogado de la Fuerza Armada, suprimió información de la declaración que él había rendido.
Ante la Audiencia Nacional de España, Mendoza mencionó que cinco días después de su captura la Comisión Investigadora le tomó el testimonio y Rodolfo Parker quien era asesor jurídico de la Comisión de Honor del Ejército, apareció para ordenarle que no debía mencionar a ningún miembro del alto mando de la Fuerza Armada.
Según Mendoza, el exdiputado retiró de la máquina de escribir, la página en la que él había mencionado a miembros de la «tandona», Parker manifestó: «No, no, no. Esas declaraciones no pueden ir así, no puedes declarar eso, no tienes que mencionar a ninguna persona del alto mando, no tienes que mencionar que Benavides dijo que tenían orden del alto mando. No puedes mencionar a nadie que no sea Benavides o del Batallón Atlacatl», que el exdiputado tomó esa página sustraída de la máquina de escribir y la rompió, pidiéndole que comenzara a declarar nuevamente.