En el torneo Clausura 2020, mismo que se suspendió luego de 11 jornadas por la pandemia, fue el último en el que el Independiente tuvo participación como equipo profesional, en la Primera División. Luego de eso el equipo desapareció, ya que la categoría que le pertenecía al CD Audaz pasó a Luis Ángel Firpo. Después de cuatro años, los «Fantasmas del Jiboa» regresan al ámbito profesional, pero en la Tercera División.
«Nuestro querido club participará en el próximo torneo apertura de la Tercera División del fútbol profesional, habiendo llegado a un acuerdo con el CD Estrella Rojas del Cantón Candelaria, para la adquisición de su categoría», informó el equipo a través de un comunicado.
Hace unos días se rumoró que los vicentinos eran un equipo que también estaba en conversaciones con el Jocoro, quien estaría con esta negociación con el Santa Tecla. También se dijo que «El Inde» tenía intención de recuperar la categoría que tienen los toros, a costa del desaparecido Audaz.
«Nos llena de mucha ilusión este nuevo proceso, en el cual buscaremos cumplir todos los sueños y objetivos deportivos que tenemos en común con cada vicentino que fielmente ha seguido, sigue y seguirá a este noble y buen equipo», dijo.
Dentro de su historia, que data desde 1946, el Independiente suma dos subcamponatos en la Liga Mayor (1981 y 1982), además del título del Apertura 2016 en la Segunda División.