Cuando ARENA llegó al poder, se quedó 20 años. Los cuatro presidentes que tuvo se dedicaron al saqueo del Estado para enriquecerse junto con los integrantes de sus círculos más cercanos. Además, desde el Gobierno se utilizó el poder para favorecer los negocios de los financistas del partido tricolor.
El modelo de desfalco de las finanzas públicas pasó intacto a sus socios del FMLN, que habían prometido a sus bases y a buena parte del electorado que iban a ser el cambio que el país necesitaba. Sin embargo, se dedicaron a administrar la corrupción que había adoptado ARENA. Es más, terminaron de afinar el saqueo del Estado e idearon nuevos métodos para ser más efectivos en su pillaje.
El exiguo presupuesto llegaba diezmado a las instituciones. No recibían todos los fondos presupuestados porque existía la práctica durante los gobiernos de ARENA, que luego fue retomada por las administraciones del FMLN, de no completar la ejecución de los presupuestos para enviar los excedentes al presidente, que los desviaba a la partida secreta y, de ahí, hacia cuentas particulares. Uno de esos grandes descaros ocurrió con Mauricio Funes, el primer presidente del FMLN, que extraía los fondos públicos en efectivo y los transportaba en bolsas negras que se utilizan para la basura. Era tal la cantidad de billetes que se requerían varias bolsas para transportarlos.
Aunado a estas actitudes, las diferentes instituciones de Gobierno no fueron responsables en sus manejos financieros, y se crearon compromisos económicos mutuos que aumentaron la deuda del Estado. Así, por ejemplo, un ministerio no pagaba el servicio de agua potable o de energía eléctrica y eso se sumaba a la deuda interna. El fin de semana, el presidente de la ANDA, Rubén Alemán, reveló que las deudas heredadas de los gobiernos de ARENA y del FMLN entre las instituciones y la autónoma sumaron $118 millones.
Con una mora de esa naturaleza, una institución tiene problemas para ejecutar sus planes y disponer de financiamiento, dado que aparece como una entidad con poca capacidad para cobrar sus deudas, lo que incide negativamente en la calificación sobre la manera en la que se administra.
El legado oscuro de ARENA y del FMLN no solo fueron la corrupción galopante y la violencia desbordada que se cobraba la vida de millares de salvadoreños, también implicó los malos manejos administrativos y la desidia para resolver problemas.