Los partidos ARENA y FMLN tienen una larga lista de exfuncionarios prófugos de la justicia, una acción que para el politólogo Óscar Martínez Peñate representa el reflejo del «“mea culpa” de los actos delictivos que cometieron» cuando ejercían sus cargos en las administraciones públicas.
La justicia salvadoreña ha emitido órdenes de captura o mantiene abiertos procesos judiciales en contra de exservidores públicos tricolores y rojos por casos relacionados con corrupción y otras conductas delictivas; sin embargo, algunos de ellos no han podido ser llevados a sede judicial por haber huido.

«El hecho de que hayan salido del país es para evadir la justicia por los saqueos a las instituciones públicas que cometieron cuando fueron funcionarios», remacha Martínez Peñate, un profesional de las ciencias políticas.
El expresidente Alfredo Félix Cristiani Burkard (ARENA) huyó de El Salvador en el marco de una investigación iniciada en su contra por la Fiscalía General de la República que lo acusa de los delitos de lavado de dinero y de activos cometidos durante el ejercicio de su mandato en el período 1989-1994.

Cristiani Burkard también enfrenta un proceso judicial por el asesinato de seis sacerdotes jesuitas y dos colaboradoras, cometido por el Ejército en noviembre de 1989 en medio de la ofensiva terrorista del FMLN.
Mauricio Funes, el primer presidente del partido de izquierda, no solo escapó del país, sino que se nacionalizó en Nicaragua, adonde llegó cuando era investigado por actos de corrupción cometidos durante su administración. El exgobernante ha recibido en ausencia condenas penales que ya suman 28 años de prisión.
El mismo FMLN le recomendó a Funes no abandonar Nicaragua, pues, según Medardo González, entonces secretario general del partido, «la situación está grave y pueden enjuiciarte, meterte a la cárcel y humillarte políticamente».

Salvador Sánchez Cerén, quien ganó el segundo gobierno consecutivo del partido efemelenista, tiene una orden de captura emitida por la justicia salvadoreña que lo procesa por los delitos de enriquecimiento ilícito y lavado de dinero. El expresidente rojo también encontró refugio en Nicaragua, adonde huyó para posteriormente obtener la ciudadanía y así evitar la extradición.
Otros exfuncionarios areneros y efemelenistas también enfrentan procesos judiciales o han sido condenados en ausencia.
Uno de ellos es el exalcalde de San Salvador, exdiputado y expresidente de la Asamblea Legislativa Norman Quijano, condenado a 13 años y cuatro meses de prisión por pactar con pandillas prebendas a cambio de votos cuando buscó la presidencia de la república por el partido ARENA.

El exministro efemelenista de Gobernación Arístides Valencia también es prófugo de la justicia salvadoreña, que lo procesa por haber negociado el respaldo político de las pandillas hacia la candidatura presidencial de Salvador Sánchez Cerén.
El expresidente de la Asamblea Legislativa y miembro del FMLN Sigfrido Reyes ha evadido la justicia enfrentando cargos por lavado de dinero, peculado y estafa agravada.
Los casos judiciales contra los exfuncionarios efemelenistas y areneros han podido ser reactivados luego de una reforma del Código Procesal Penal que permite juzgar a los procesados en ausencia y rebeldía.

Organizaciones vinculadas a ambos partidos, algunas dirigidas por exfuncionarios, afirman que dichas reformas violan el debido proceso.
Martínez Peñate señala que los exservidores públicos procesados, «en su pobre defensa, argumentan que es persecución política; no obstante, queda claro que se les persigue por ser delincuentes».
El politólogo considera que el Gobierno debe reclamar a los países donde se «esconden» los exfuncionarios para que estos respondan ante la justicia.







