El FMLN ocasionó en 2006 un incidente de violencia electoral, cuando se procedía el escrutinio final para proclamar al ganador de la alcaldía de San Salvador, plaza que se disputaban reñidamente su candidata, Violeta Menjívar, y Rodrigo Samayoa, por el partido ARENA.
Los militantes efemelenistas protagonizaron una reyerta que, tras causar heridos y daños en equipos de prensa, terminó con el asalto del inmueble donde se procedía al conteo de los votos de la elección celebrada en marzo de ese año.
Los incidentes comenzaron cuando el Tribunal Supremo Electoral (TSE) informó que Menjívar tenía 59 votos más que Samayoa, pero habían sido impugnados 83, los que debían revisarse.
El anuncio provocó la furia de los militantes y simpatizantes del partido de izquierda, que acusaban al TSE de estar preparando un fraude, como ha alegado en diversas ocasiones con resultados adversos, y con ello permitir que ARENA recuperara la comuna capitalina, en manos del FMLN desde 1997. Menjívar, tras la revisión de los votos impugnados, retuvo con 44 votos para su partido, FMLN, la plaza de la ciudad de San Salvador.
