A lo largo del siglo XVI, según el anuario de estudios «Cacao y encomienda en la Alcaldía Mayor de Sonsonate», de Merixtell Tous, durante la época colonial, se originaron tres ciclos económicos que fueron las bases fundamentales de la exportación en lo que ahora se reconoce como el territorio salvadoreño: del bálsamo, del añil y del cacao.
Para ese entonces, Acajutla, que fue fundada y utilizada como un centro militar y para el comercio de los productos cosechados por los pueblos indígenas, comenzó a cumplir un rol trascendental. El puerto de Acajutla se convirtió en el principal de la provincia de Sonsonate y en unos de los puertos más importantes de la colonia española.
Era una vía de comunicación y comercio entre la Nueva España y Perú, y, aunque era un puerto importante, no contaba con las condiciones adecuadas para los barcos.
A pesar de la difícil situación y la factibilidad del puerto, entre 1562 y 1580, los encomenderos de la provincia de Sonsonate exportaron aproximadamente 50,000 cargas anuales de cacao hacia la península y Nueva España con un costo de 200,000 pesos. Además, un promedio anual de 15 barcos mercaderes con productos importados, originarios de Nueva España y Perú, atracaban en Acajutla y, a la vez, llenaban sus bodegas con productos locales para comerciar en el exterior.
Para el siglo XVIII, tras la caída de los precios del cacao y el surgimiento del volcán de Izalco, en 1722, justo en el centro del área del cultivo, el comercio del cacao sucumbió y dio paso al añil como nuevo y principal producto de exportación del país.
En 1801, Juan Bautista de Irisarri solicitó al capitán general de Guatemala una autorización para construir un muelle en el puerto de Acajutla, para facilitar el comercio y fomentar los negocios provenientes del Pacífico sur.
Esta solicitud se contestó el 5 de febrero de 1802, y la construcción del muelle y los edificios de aduana empezaron en 1805. Este se llamó Puerto Nuevo.
Período de la república
Con el correr de los años y el uso constante del puerto, el deterioro llegó, por lo que el 30 de octubre de 1869 se firmó un contrato entre el Gobierno Central, el coronel Manuel Mendoza y Joaquín de Matheu para construir un muelle de hierro. A finales de 1870, se terminó la construcción de la infraestructura y comenzó a funcionar en enero de 1871.
Luego el cultivo del añil fue desplazado por el café y las exportaciones cafetaleras se concentraron en los puertos de La Libertad y de Acajutla.
En este período, la comunicación era imprescindible para el desarrollo portuario de Acajutla, por lo que en 1870 se conectó el primer telégrafo entre San Salvador y el puerto de La Libertad, y luego con Acajutla.
Cuatro años más tarde, el servicio se volvió internacional con la construcción de una línea telegráfica que permitía la comunicación con Guatemala.
Posteriormente, el 26 de septiembre de 1899, la Central American Public Works Company, bajo un contrato firmado con Adolfo Castro, funcionario de El Salvador, renovó la infraestructura del puerto y
terminó administrándolo junto con el Ferrocarril de Occidente hasta mediados de la década de 1950.
Construcciones y ampliaciones del puerto de Acajutla
Debido al incremento de las operaciones portuarias y previendo un aumento considerable en el futuro, la Comisión Ejecutiva del Puerto de Acajutla (CEPA) inició, en 1964, la planificación de las ampliaciones indispensables del puerto de Acajutla, que consistió en la construcción de un muelle adicional con capacidad para que tres naves atracaran simultáneamente y la instalación de un sistema para carga, descarga, transporte y almacenamiento de productos a granel.
El estudio de factibilidad económica se terminó en octubre y también fue aprobado por la CEPA y las autoridades competentes. La construcción inició en 1965 y culminó a finales de 1966.
En 1974, en vista de la creciente demanda del puerto, CEPA decidió ejecutar la tercera ampliación, que consistió en la construcción de un rompeolas y un atracadero, para proteger la estructura y lograr una mayor eficiencia. Además, se incluyeron dos atracaderos más. El rompeolas comenzó a operar en 1976.
