Aunque en El Salvador todos eran católicos o evangélicos, no se podía ser cristiano y miembro de las FPL al mismo tiempo. Según Cayetano Carpio, los militantes, como buenos marxistas, tenían que ser ateos.
El fraude electoral de 1972 y la toma militar de la UES ese mismo año, así como la agudización de la represión política en los años siguientes, generaron una creciente resistencia popular cada vez más organizada.
El ERP captó a su favor el descontento social y en 1974 se adelantó en la conformación del frente de masas, el Frente Amplio Popular Unificado (FAPU).
La salud de Carpio se resintió por esos días y Felipe Peña tomó el control de la organización. Luego de unas reuniones secretas con un grupo de jesuitas publicó la «Carta de las FPL a los cristianos», en la que, pese a las reservas de Carpio, afirmaba que no había contradicción entre la revolución y el cristianismo. Lo que el joven ideólogo había vislumbrado, en términos estratégicos, era el enorme filón que la ligazón con las populosas comunidades eclesiales de base le daría a las FPL.
La discusión entre Carpio y Peña era intensa, y como el primero se iba quedando sin argumentos consistentes, el segundo iba sumando apoyos internos.
La salud de Carpio se agravó a finales de 1974 y tuvo que salir del país. Felipe Peña se quedó a cargo de la organización y envió a sus mejores cuadros clandestinos al trabajo político abierto entre las masas.
Algunos sacerdotes y seminaristas jesuitas, con los que Peña se reunía en secreto, habían llegado a la conclusión de que el compromiso cristiano con los pobres pasaba por asumir no solo el acompañamiento espiritual, sino también por sumarse a la lucha revolucionaria «para construir el reino de Dios en la tierra».
Esos religiosos habían desarrollado un intenso trabajo en la Federación Cristiana de Campesinos Salvadoreños, y pusieron esa numerosa organización al servicio de las FPL, a la cual también se integraron ellos mismos. Eso, sumado al trabajo organizativo en el gremio magisterial y en las asociaciones estudiantiles de secundaria y universitarias, marcaría el relanzamiento exitoso de las FPL.
Ese esfuerzo se vio aún más potenciado debido a un gravísimo problema interno ocurrido en el ERP en mayo de 1975: el asesinato de Roque Dalton bajo la infundada acusación de traición, y la consecuente división de esa organización, lo que dejó en el aire a sus frentes de masas
Las FPL supieron pescar en río revuelto. Muy pronto un enorme contingente de maestros, estudiantes, campesinos y cristianos engrosaron sus filas.
Todo eso fue posible porque, en ausencia de Carpio, Felipe Peña desmontó la extrema rigidez ideológica de su organización. Así, el 6 de agosto de 1975 surgió el Bloque Popular Revolucionario, el poderoso frente de masas de las FPL. Pero Felipe Peña murió en combate 10 días después.
Felipe Peña había abierto la batalla entre el dogmatismo sectario y la flexibilidad política del pluralismo dentro de la izquierda revolucionaria salvadoreña.
Con la renovación impulsada por Felipe Peña, las FPL crecieron y ganaron mayor incidencia política y militar. Pero su muerte temprana cortó ese proceso de maduración y el sectarismo dogmático volvió a apoderarse de las FPL.
