En los diferentes monitoreos y registros de los guardarrecursos del MARN se ha comprobado que El Jocotal alberga 151 especies de flora y 442 de fauna.
En la laguna convergen 254 especies de aves, de las cuales el 43 % son migratorias y el resto, residentes.
«Este humedal alberga más del 50 % de las aves que se pueden observar en el país. De las 500 especies que existen en el mundo, acá tenemos 254», aseguró Rosalba Alvarenga, técnica del MARN.
A nivel de aves migratorias, hay especies provenientes de Norteamérica, como el pato cucharón, el playerito occidental y el pelícano blanco.
Otras destacables (también viajeras desde el norte del continente) son el pato real, pichinche, cerceta aliazul, la lora nuca amarilla y la garcita de tular, las cuales están amenazadas y en peligro de extinción.
Entre la fauna local o residente hay 13 especies de anfibios, entre ellos, la rana arborícola y la ranita de quebrada; 33 tipos de reptiles, como el cocodrilo americano y la tortuga candado. Además, se contabilizan 43 mamíferos, entre ellos, el tepezcuintle y el oso hormiguero.
La almeja de agua dulce y 78 insectos, como la libélula y la mariposa, figuran entre los invertebrados. Se registran también 151 especies vegetales entre acuáticas y terrestres, algunas de ellas son el mangle dulce, carreto, pimiento y guayacán, que se encuentran en peligro de extinción.