La historia, sin duda, nos muestra los diferentes cambios que ha sufrido la bandera de El Salvador, máxima representación material de la nación, que, como era de esperarse, padeció junto con el país diferentes modificaciones.
La idealización y creación de la bandera se atribuye a Manuel José Arce, quien, al ser nombrado jefe de los milicianos salvadoreños en 1822, eligió los colores del estandarte, recordando la enseña (bandera) de los próceres argentinos San Martín y Belgrano.
A partir de ahí se cree que comunicó la idea a su esposa, Felipa Aranzamendi, y a su hermana, Antonia Manuela, para que confeccionaran el pendón con tela blanca y celeste, que sería acogido como la bandera de la provincia de El Salvador.
El 20 de febrero de 1822 fue bendecida en una ceremonia celebrada en una iglesia de San Salvador, con asistencia del pueblo y de las tropas.
A partir de entonces, el estandarte salvadoreño ha acompañado la evolución de la nación, propiciando con esto una riqueza histórica de su transformación.
Desde el cambio de sus colores hasta la incorporación de símbolos, la bandera ha logrado permanecer férrea con el tiempo, volviéndose un verdadero emblema de identidad y reconocimiento patriota.
1822
Diseñada por Manuel José Arce. Contaba con tres franjas, dos celestes y una blanca en el centro. Fue creada basándose en la bandera de Argentina.
1823
Fue adoptada el 21 de agosto de 1823 por las Provincias Unidas del Centro de América, que era un estado que existió entre el 1.º de julio de 1823 y el 22 de noviembre de 1824. A la bandera se le agregó un escudo de armas en el centro. Tenía cinco volcanes, dos océanos, un arcoíris, un gorro frigio y alrededor decía Provincias Unidas del Centro de América.
1824
La bandera del estado regional (en 1823) pasó a ser la bandera de la República Federal de Centroamérica, que fue una nación que surgió de la Asamblea Constituyente de las Provincias Unidas del Centro de América el 22 de noviembre de 1824. A diferencia de la bandera anterior, en este caso el escudo de armas dejó la forma redonda que lo caracterizaba por uno ovalado. Además, se agregaron unos laureles en la parte superior.
1865
Esta bandera nacional fue similar a la de Estados Unidos. En la parte superior se encontraba un cuadro rojo con nueve estrellas que representaban los departamentos del país, y cinco barras azules y cuatro blancas. Después se creó un escudo nacional de El Salvador, siempre adentro de un cuadro rojo. Esta bandera fue modificada en varias ocasiones, adaptando el número de estrellas al número de departamentos que iban surgiendo.
1898
La unión formada por El Salvador, Nicaragua y Honduras, llamada República de América Central, acogió una nueva bandera. Esta vez eran dos franjas azules y una franja blanca en el centro. Al estandarte también se le sumaba un nuevo escudo, el cual contaba con cinco volcanes, dos océanos y un gorro frigio dentro de un triángulo. Alrededor se podía leer Republica Mayor de Centro América.
1912
La actual bandera nacional fue adoptada el 17 de mayo de 1912 por el presidente Manuel Enrique Araujo. El pendón es un paralelogramo de tela que está compuesto por dos franjas azules que simbolizan el océano Pacífico y Atlántico, y una franja blanca que hace referencia a la paz. En la franja blanca se puede contemplar el escudo nacional o la leyenda Dios, Unión, Libertad. El escudo es llevado si la organización que coloca la bandera es gubernamental (Casa Presidencial, embajadas, delegaciones del Gobierno, etc.) y todo lo que concierne el Ejército (cuarteles, aviones, buques, etc.). La leyenda Dios, Unión, Libertad, en letras doradas, se utiliza si es colocada por cualquier individuo u organización que no sea del Gobierno, como escuelas, edificios públicos, barcos mercantes, etc.