Los autores materiales e intelectuales de los crímenes que la guerrilla —ahora partido FMLN— cometió durante la guerra civil fueron protegidos con tres leyes de amnistía, de las que dos sancionó el entonces presidente de la república Alfredo Félix Cristiani Burkard, del partido ARENA.
Algunos de los crímenes que el FMLN perpetró en contra de civiles, agentes de la autoridad y funcionarios de aquella época están plasmados en el Informe de la Comisión de la Verdad para El Salvador de la Organización de las Naciones Unidas (ONU).
Dicho informe señala que el FMLN no solo utilizó la violencia en contra de sus opositores y combatientes, sino también en perjuicio de no combatientes. Por lo tanto, el informe determinó que ese tipo de ataques fueron ilegales y violaron el Derecho Internacional Humanitario y el Derecho Internacional de los Derechos Humanos.
Uno de los crímenes más sonados hasta el momento que conmocionó a la sociedad fue la masacre de la Zona Rosa, en la colonia San Benito, en San Salvador. El acto terrorista fue perpetrado cerca de las 9:30 de la noche del 19 de junio de 1985 por el Comando Urbano Mardoqueo Cruz del Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC), uno de los cinco brazos armados del FMLN.
El atentado estaba dirigido contra cuatro infantes de la Marina estadounidense —la guerrilla los consideró objetivos o blancos militares— que estaban vestidos de civil y desarmados mientras departían en el restaurante Chili’s, de la Zona Rosa. En el hecho también murieron nueve civiles y uno de los atacantes.
La Comisión de la Verdad concluyó: «Los infantes de [la] Marina estadounidense no eran combatientes, sino que su función era cuidar la embajada de Estados Unidos y tampoco existió indicio alguno de que hayan participado en acciones de combate en El Salvador».
Por esta masacre fueron capturados tres guerrilleros: José Abraham Dimas Aguilar y Juan Miguel García Meléndez —tipificados como autores intelectuales— y William Celio Rivas Bolaños, el autor material.
En el Informe de la Comisión de la Verdad se lee que los detenidos enfrentaron la justicia penal, pero a los dos años —cuando el proceso penal ya estaba en primera instancia— el defensor solicitó el sobreseimiento definitivo para todos, porque el 27 de octubre de 1987 la Asamblea Legislativa aprobó la ley de amnistía para lograr la reconciliación nacional.
Esa ley fue aprobada mientras el pedecista Guillermo Antonio Guevara Lacayo ejercía la presidencia del congreso, y fue sancionada al siguiente día por Rodolfo Antonio Castillo Claramount, vicepresidente de la república en el Gobierno de José Napoleón Duarte, del viejo PDC.
La amnistía, al entrar en vigor, dejó en la impunidad los crímenes cometidos hasta el 22 de octubre de 1987, y también la masacre de la Zona Rosa. Según consta en el Informe de la Comisión de la Verdad, los tres imputados fueron puestos formalmente en libertad y sobreseídos definitivamente por la justicia penal el 12 de noviembre de 1987.
Esa ley establecía que la amnistía era «absoluta y de pleno derecho a favor de todas las personas, nacionales o extranjeras, civiles o militares que habían participado como autores inmediatos, mediatos o cómplices, en la comisión de delitos políticos o comunes conexos».
De las prerrogativas de perdón y olvido de esta ley quedaban excluidos los casos de secuestro, extorsión, tráfico de drogas y quienes de forma individual o colectiva participaron en el asesinato del arzobispo de San Salvador Óscar Arnulfo Romero, ahora elevado a los altares como santo. Romero fue asesinado el 24 de marzo de 1980.
La amnistía del 27 de octubre de 1987 no fue la única que se mantuvo en la impunidad. El 23 de enero de 1992 —solo siete días después de que Cristiani y los líderes guerrilleros firmaron los Acuerdos de Paz— la Asamblea, presidida por el diputado de ARENA Luis Roberto Angulo Samayoa, aprobó la Ley de Reconciliación Nacional. Esta normativa dejó en la impunidad los crímenes cometidos antes del 1.° de enero de 1992, y Cristiani no solo sancionó la normativa ese mismo día, sino que la mandó a publicar en el «Diario Oficial». Es decir, hubo un proceso de formación de ley expedito.
Esta segunda ley de amnistía frenó los procesos penales que ya estaban judicializados, impidió la judicialización de nuevos casos y ordenó la libertad inmediata de todos los que en ese momento eran procesados por crímenes cometidos durante la guerra sin la necesidad de pagar fianza.
Además, otorgó el perdón y el olvido a favor de todas las personas que «hayan participado como autores inmediatos, mediatos o cómplices en la comisión de delitos políticos comunes conexos […] por un número de personas que no baje de veinte», pero exceptuó el delito de secuestro.
Asimismo, declaró: «La gracia de esta amnistía la gozarían los miembros del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN) que integran la Comisión Nacional para la Consolidación de la Paz (Copaz) y también todos aquellos miembros del FMLN que integran comisiones que se derivan de los Acuerdos de Paz suscritos en México».
Con base en la Ley de Reconciliación Nacional, el juez primero de lo Penal de San Salvador exoneró por actos de terrorismo y asociaciones subversivas a Jorge Alberto Miranda
Arévalo, miembro del Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP), quien confesó judicial y extrajudicialmente que participó en la autoría material del asesinato del defensor de derechos humanos Hérbert Ernesto Anaya Sanabria.
Anaya Sanabria también era miembro del ERP —otro de los brazos armados del FMLN— que fue asesinado en la colonia Zacamil, en San Salvador, el 26 de octubre de 1987.
El Informe de la Comisión de la Verdad determinó que antes de ser asesinado él se había mostrado a favor de «una solución pacífica del conflicto armado que sufría el país», pero, al parecer, la dirigencia del ERP no compartía esa idea.
Luego de que el 15 de marzo de 1993 se conoció públicamente el Informe de la Comisión, las fuerzas políticas de ese entonces comenzaron a maniobrar para mantener los crímenes de guerra en la impunidad.
Dos días después de que el documento vio la luz, la Asamblea Legislativa recibió el proyecto de ley de amnistía general para la consolidación de la paz, y el 18 de marzo en relación con los crímenes Cristiani dijo que «es necesaria la aprobación de una amnistía absoluta para olvidar esta página dolorosa de nuestra historia».
El sábado 20 de marzo, es decir, solo cinco días después de que se conoció el informe —y con dispensa de trámite— la Asamblea aprobó con 47 votos la ley de perdón y olvido que dejó en la impunidad absolutamente todos los crímenes que el FMLN —sus brazos armados— y los viejos militares cometieron durante la guerra. Entre los crímenes del FMLN y los demás grupos guerrilleros están los sonados casos de las ejecuciones extrajudiciales de 11 alcaldes del país, el asesinato del fiscal general José Roberto García Alvarado y la del docente universitario Francisco Peccorini Letona, crítico de los grupos alzados en armas.
La impunidad que provocó la amnistía de 1993 finalizó el 13 de julio de 2016, cuando la Sala de lo Constitucional del período 2009- 2018 expulsó del ordenamiento jurídico esa normativa.
El fiscal general Rodolfo Delgado dijo recientemente que esa amnistía limitó el trabajo de la Fiscalía para investigar a los autores materiales e intelectuales. Además, reveló que tienen 213 denuncias de crímenes del conflicto armado y que 21 están en investigación.