Más allá de estar expuesto a una pena de 25 años por lavado de dinero y sobornar a alcaldes, Roberto Carlos Silva Pereira, quien fue electo diputado suplente por el PCN para el período 2006-2009, arrastra una serie de señalamientos no judicializados por narcotráfico y homicidios, a excepción de Guatemala que lo reclama por el asesinato de los tres diputados salvadoreños al Parlamento Centroamericano y su motorista, el 19 de febrero de 2007.
El «Perico» Silva como le dicen sus amigos, es el supuesto autor intelectual del secuestro y homicidios de los diputados de ARENA, según lo mencionó el testigo Ramiro Antonio Deléon López, alias «El Chapín» durante el juicio realizado en Guatemala.
«El Chapín», dijo que Silva Pereira planificó el múltiple crimen junto al exdiputado guatemalteco Manuel de Jesús Castillo Medrano, conocido como «Manolillo» asesinado el 15 de diciembre de 2019 en un penal donde purgaba una condena de 203 años por la autoría intelectual del homicidio de los parlamentarios.
Según el testigo, Silva Pereira y Castillo Medrano, se reunieron dos veces en un restaurante ubicado en San Sebastián Salitrillo, departamento de Santa Ana, la Fiscalía de Guatemala dijo en el año 2009 que Silva Pereira, supuestamente ordenó que los asesinaran para vengarse por haber avalado el antejuicio en su contra y que terminó en desafuero.
A principios de 2008, la Fiscalía General de la República (FGR) informó que una investigación sobre narcotráfico había detectado nexos entre Silva Pereira y la banda «Los Perrones», una estructura que fue procesada por tráfico ilícito, lavado de dinero, contrabando de mercadería y evasión fiscal.
En ese año se dijo que la unidad antinarcotráfico tenía una investigación en contra del exdiputado suplente la cual fue iniciada por medio de acta policial remitida por la División Antinarcóticos de la PNC, donde se informaba sobre llamada telefónica recibida a una persona anónima, quien dijo que Silva dirigía una estructura criminal que se dedicaba a traficar droga y que residía en Jiquilisco, que tenía varios vehículos, gran cantidad de armas cortas, una avioneta y barcos pesqueros.
El informante de la DAN detalló a las autoridades que el exdiputado mantenía en Puerto El Triunfo, Usulután, motos acuáticas y un yate de lujo, anclado en la zona del Puerto Barrillas, el sospechoso incremento patrimonial lo evidenció con un alto poder adquisitivo pues se le veía conduciendo vehículos Maserati, un Porsche o en BMW.
