La primera vez que se tuvo conocimiento de la ciudad oculta bajo las cenizas, en San Andrés, fue en 1892 cuando un grupo militar y de arqueología francesa, comandada por el capitán Montessus de Ballore, exploraron restos arqueológicos que se encontraban dentro del valle de Zapotitán; sin embargo, es hasta 1940 cuando inicia la primera etapa de excavación a cargo del arqueólogo norteamericano John Dimick.
Con las excavaciones se logra conocer un señorío maya oculto durante muchos años, el cual tenía primacía sobre otros sitios arqueológicos como Joya de Cerén, es decir, San Andrés era la capital regional dentro del valle.
El sitio arqueológico colapsó el año 900 después de Cristo. Entre las teorías más cercanas por las cuales se cree se abandona el valle de Zapotitán se encuentran: la falta de agua, sequías, epidemias, guerras, desintegración política y los eventos volcánicos.
Los científicos, con base a lo estudiado, han determinado que al momento del apogeo y desarrollo de la ciudad esta medía tres kilómetros cuadrados. Se estima una población entre 40,000 y 100,000 habitantes en todo el valle.
El nombre de la ciudad se retoma del nombre de la hacienda San Andrés, ya que no hay ningún indicio sobre el verdadero nombre del lugar.
El sitio, geográficamente, está ubicado en La Libertad, a 32 kilómetros de San Salvador en la carretera que conduce hacia Santa Ana.
Hasta el momento, se ha excavado un 5 % en relación a su tamaño. En total, hay cinco pirámides que se pueden observar de manera parcial [no están excavadas completamente]. Solo se ve la cúspide de cada una de ellas.
El Parque Arqueológico San Andrés se encuentra abierto al público en horario de martes a domingo, de 9 a. m. a 4 p. m.
El precio de entrada para salvadoreños es de $1, centroamericanos y extranjeros residentes $3 y no residentes $5. Habitantes del municipio donde se encuentra el parque, estudiantes con carné vigente, personas con discapacidad, adultos mayores y menores de 12 años entran gratis.
Plaza Sur o estructura 1
Los investigadores le dan el nombre de acrópolis y es el área mayormente excavada. Se presume que aquí era donde habitaban los gobernantes, las élites y las personas más importantes. El lugar era apto para desarrollar la política y la religión. En esta plaza se encuentra la estructura número I, que fue excavada en 1940 por el arqueólogo norteamericano John Dimick. Aquí se encontraron dos tumbas y un altar con ofrendas como incensarios, sahumerios, navajas de obsidiana, pectorales de jade, los cuales fueron extraídos y la estructura se vuelve a cubrir. El arqueólogo reconoció que esta zona puede dividirse en dos sectores: acrópolis, es decir una plataforma que sostiene otras estructuras, y una gran plaza al costado norte.
Estructura 2
Fue investigada en 1951 y 1957. En ella se encontraron cabezas de serpientes hechas en piedras basálticas y en talpetates, es decir, ceniza volcánica endurecida. Las serpientes representan al dios del viento Kukulcán, un dios importante del panteón maya.
Los espacios rectangulares que se encuentran frente a esta estructura forman parte de los aposentos y palacios de las clases gobernantes del sitio. Las estructuras eran los centros ceremoniales y tumbas para las élites. Se dice que en ese sector no ingresaba el pueblo, solo los más privilegiados.
Estructura 3
La excavación se realiza entre 1977 y 1978. Se hace con la idea de querer conocer dónde inicia parte de la edificación de las pirámides y al hacerlo se descubre que uno de los suelos, o una parte del desarrollo de la plaza, se encuentra a siete metros de profundidad, es decir, la superficie de hace más de 1,300 años atrás es la que se encuentra al fondo.
Para los arqueólogos, con los cambios de gobierno, quien dirigía el asentamiento manda a cubrir esas pirámides. La ascensión al trono era patrilineal, moría el gobernante, el hijo hereda el poder, asume el trono, sepulta lo que el padre ha hecho e inicia otra fase constructiva.
Al frente de la escalinata, hacia abajo, se encontró un cráneo que presenta deformaciones frontales y occipitales. Las deformaciones son propias de las clases dominantes que servían para dar a conocer belleza, poderío y estatus social. Según arqueólogos, era un «cráneo trofeo». Se cree que el personaje fue alguien muy importante dentro de la élite, pero quizá enemigo del sitio por lo cual fue traído y expuesto a la humillación pública, luego decapitado y puesto boca abajo. Se dice que el gobernante de ese lugar pisoteaba el cráneo para demostrar la humillación al pueblo al que pertenecía.
Cerro Campana, estructura 4
Es la pirámide más grande y se encuentra en forma de montículo. Está ubicado 200 metros al norte y se le conoce como cerro Campana. Parcialmente, la estructura fue excavada en 1996 y 1997. En este sector se encontró la cerámica más antigua que data de los años 700 después de Cristo. El área boscosa que le rodea era una plaza pública para los intercambios comerciales. También se encuentran cuatro montículos alargados.
Cerro la campana, estructura 5
Fue estudiada en el 2007 y 2008. La excavación estuvo a cargo del arqueólogo Paul Amaroli. Lleva por nombre proyecto acrópolis y se realiza con la misma idea de querer conocer las bases constructivas de las pirámides que están soterradas por ladrillos de adobe.
Los aposentos
Sobre los extremos norte y poniente de la acrópolis se encuentran una serie de cuartos que se conocen como los aposentos. Los cimientos de estos cuartos han sido restaurados, los cuales probablemente eran área de residencia de la élite gobernante que sirvieron como dormitorios y salas de audiencia.
Estructura 7
Es investigada en 1977 por Jorge Mejía. Es la única que se ve construida con bloques hechos de talpetate. En ella se encontraron piezas más emblemáticas, entre ellas un pedernal excéntrico, pieza que se atribuía a las clases gobernantes. Con este descubrimiento se resalta la importancia de esta acrópolis en relación con otras ciudades maya como Copán, Tikal, Chalchuapa y Kaminaljuyú.