Alianza terminó la segunda fase del torneo Clausura 2021, tal y como la inició: con dos derrotas. Perdió sus dos últimos partidos y cedió el mando del grupo A, que lo condena a jugar los cuartos de final contra el Águila, desde media semana con el choque de ida, que se jugará en San Miguel, porque los albos no pierden el privilegio de cerrar en casa. Sin embargo, si el equipo capitalino entra a semifinales sí tiene que cerrar de visita.
El equipo blanco cerró la segunda fase con una nueva caída, esta vez a manos del 11 Deportivo, en el estadio Simeón Magaña, de Ahuachapán. El equipo fronterizo firmó los dos goles con los que ganó (2-1) en cuatro minutos, gracias al colombiano Edgar Medrano, quien reapareció como artillero en el momento que su equipo más lo necesitaba.
El primer tanto del cafetero llegó al minuto 15, en un balón que le sirvieron dentro del área y la hundió en el arco de Yimmy Cuéllar. Al 19, el mismo Medrano puso el 2-0, on el cual se fueron al descanso del medio tiempo.
En la segunda parte, Tigana Meléndez, entrenador de los capitalinos, movió su tablero de ajedrez y mandó a la cancha a Rodolfo Zelaya, quien le respondió con un gol de buena factura, al 62′, para acortar distancias en el marcador (2-1). Sin embargo, Alianza no halló de nuevo la ruta para conseguir al menos el empate, resultado que le garantizaba terminar en lo más alto de la clasificación del grupo.
Otra de las malas noticias que tuvo el cuadro albo es que se suma un enfermo más al hospital que tiene desde hace varias semanas. Óscar Cerén tuvo que salir en el complemento y se suma a la lista donde están Óscar Rodríguez y Marvin Monterroza, como bajas en el plantel.