Durante la colonización, la fundación de pueblos de españoles era parte fundamental de la política. Al someter un territorio, se escogía un sitio donde vivirían los conquistadores como los primeros vecinos de la nueva villa.
Las primeras comunidades tenían poblaciones de entre 20 y 100 vecinos españoles. En raras ocasiones se decidía situar la villa en una comunidad indígena importante.
Dos grandes ciudades del país, San Salvador y San Miguel, se iniciaron de esa manera, como villas de conquistadores.
En el libro «Historia I, El Salvador» (2009) se relata que la villa de San Salvador fue fundada a raíz de una expedición no documentada y que fue llevada a cabo en menos de un año tras la entrada de Pedro de Alvarado, en junio de 1524. La única evidencia que se reconoce proviene de archivos de Guatemala.
De acuerdo con el historiador salvadoreño Jorge Lardé y Larín (1920-2001), en un principio, la villa fue fundada en la comunidad de Cuscatlán (o Cuzcatlán); sin embargo, los españoles no fueron bien recibidos, ya que los originarios se rebelaron y esto obligó a dejar el lugar.
ALBORADA Y ASENTAMIENTO
La segunda villa de San Salvador se estableció en la ahora llamada Ciudad Vieja, hacia el sur de Suchitoto. Escritos que llegaron a manos del historiador y religioso español Antonio Remesal habrían evidenciado que el 11 de abril de 1528, cuando los conquistadores fundaron la villa, tardaron al menos 15 días en trazar las calles, la plaza principal y la iglesia, además de algunas casas para morar. Después de 17 años habitando el lugar, el poblado se trasladó a su lugar actual.
Fue en las vegas del río Acelhuate donde la ciudad fue edificada. Sobre el tema, en el libro «San Salvador, el esplendor de una ciudad» se relata que, al principio, se erigen la iglesia parroquial (actualmente iglesia El Rosario), la Plaza de Armas (ahora Plaza Libertad), la casa consistorial, y luego el cabildo o palacio municipal y los primeros portales del centro citadino.
El 27 de septiembre de 1546, el príncipe Felipe, quien estaba afincado en Guadalajara, le concede a San Salvador el título de ciudad. Para esa época, la ciudad contaba con al menos 50 familias españolas y 29,000 indígenas, quienes se agrupaban en pequeños caseríos aledaños.
Como si se tratase de una tierra prometida, San Salvador comienza a ganar confianza en su comercio y a crecer. Se construye un hospital, un «espléndido templo parroquial y un molino de trigo que en ese tiempo funcionaba gracias a la fuerza del Acelhuate». Para 1571 y 1574 la provincia ya contaba con unos 750 pobladores citadinos y alrededor de 50,000 indios. En 1594, la urbe ya contaba con 3,500 habitantes, entre españoles, ladinos, indígenas y negros.