David Munguía Payés jamás ocultó sus desmedidas ambiciones políticas, razón por la cual entró en diferencias con el expresidente Armando Calderón Sol, que no lo incluyó en una orden de promoción para generales. El siguiente presidente, Francisco Flores, vetó un decreto aupado por el FMLN para promoverlo a general. En 2003 participó como candidato a diputado en el partido Acción Popular (AP), el cual fundó, entre otros, con Raúl Mijango, un excomandante de las ERP y que fue diputado con el FMLN. Para competir por una curul, Munguía Payés renunció a su condición de militar activo; sin embargo, tampoco obtuvo el respaldo ciudadano para llegar a la Asamblea Legislativa.
Para satisfacer sus pretensiones políticas, Munguía Payés se alió con los que en la guerra eran sus enemigos. Salvador Sánchez Cerén, entonces el máximo líder del FMLN, anunció la incorporación del exmilitar en lo que llamó un «amplio movimiento» para apoyar la candidatura presidencial de Mauricio Funes.
En recompensa, Funes hizo ministro de la Defensa a Munguía Payés, para lo cual lo llamó al servicio activo. Gracias a sus negociaciones con el primer presidente del FMLN, Munguía Payés fue ascendido a general en un proceso que levantó muchas críticas dentro de las filas castrenses, debido a las múltiples irregularidades, además de las dudas por su falta de idoneidad y su ilimitada ambición política.
Ser ministro no le bastaba a Munguía Payés, y negoció, con la bendición de Funes, la tregua con los pandilleros. Pretendía que los criminales trabajaran en una potencial candidatura presidencial, según lo que se ha ido desprendiendo de los documentos aportados como prueba en el proceso judicial en su contra.
Munguía Payés fue el operador político de Funes para ejecutar la tregua y lograr, mediante una oscura negociación con las pandillas, la reducción de los homicidios. En los gobiernos del FMLN, Munguía Payés también fue ministro de Seguridad por breve tiempo, para regresar a la Defensa, desde donde operativizaba los beneficios para los pandilleros y sus interlocutores, como el columnista y miembro del consejo editorial de «El Diario de Hoy», Paolo Lüers.
Las pandillas hallaron aliados en el FMLN y en ARENA, al punto que ambos partidos les pagaron miles de dólares y les hicieron ofrecimientos de puestos en el gabinete, además de «programas de reinserción» que, en la práctica, eran una gigantesca cuota de extorsión.
Toda esa política perversa de negociar con criminales debe ser erradicada del país. Y si la justicia en el pasado fue selectiva y los benefició, ahora estamos en una nueva etapa de la historia, en la que los delincuentes deberán enfrentar las consecuencias de sus actos.