La Universidad de El Salvador es una institución estatal con autonomía académica y administrativa, con derechos estipulados en su ley orgánica, pero también con obligaciones: ante la ciudadanía por ser estatal; ante el Ministerio de Educación, del que depende financiera y educativamente; ante la Corte Suprema de Justicia, en lo relativo a la aplicación de las leyes relacionadas con la educación universitaria y la ley orgánica; de parte de los órganos de toma de decisiones como la Asamblea General, el Consejo Superior Universitario, las juntas directivas de las facultades, pero también de los ejecutivos máximos como el rector y los decanos.
La autonomía se defiende funcionando de acuerdo con la ley, mejorando y actualizando la docencia, la investigación y la proyección social; resolviendo los problemas cumpliendo el debido proceso sin esperar semanas, meses o incluso años para resolverlos; utilizando los recursos financieros en función de los intereses de la población y no de ejecutivos, profesores, estudiantes y empleados administrativos; dando una imagen fundamentada en la ciencia, la tecnología y la probidad.
En lo relativo a la docencia, hay planes de estudios en algunas facultades que no se han modificado en los últimos 20 años, incumpliendo la Ley General de Educación. No se cumple el debido proceso en lo relativo a la contratación de personal y la carrera docente. No se hace el pago de profesores hora clase mensualmente y los contratos respectivos se firman a final de ciclo. La mayoría de los profesores a tiempo completo no cumplen sus obligaciones de investigación y proyección social; no obstante, son parte de sus funciones. Sus salarios son superiores a los de las universidades privadas, donde se cumplen esas funciones. Se mal utiliza el tiempo del estudiante, solo se ofrece dos ciclos educativos de cuatro meses al año. Muchos profesores a tiempo completo solo trabajan cuatro o cinco horas diarias, pero su jornada laboral es de siete horas.
La investigación en la mayoría de las facultades no es prioritaria y queda a la voluntad de algunos profesores a tiempo completo. No existen planes de investigación con objetivos y metas a mediano y largo plazo, no se participa en licitaciones o iniciativas de investigación de otras entidades estatales, y las pocas investigaciones no están en función de las necesidades más importantes del desarrollo de la ciencia y de la población.
La proyección social, aunque teóricamente la definen adecuadamente, en la práctica los proyectos en la mayoría de los casos no logran los objetivos establecidos, especialmente por el corto tiempo de ejecución real, el poco interés de los alumnos, la falta de participación de los profesores a tiempo completo, la calidad de la supervisión y la falta de recursos para ejecutar cada actividad.
Desde el punto financiero, la mayoría de las veces no se prioriza el mejoramiento de la educación, sino que se parte del supuesto de que mejorar los salarios de los profesores a tiempo completo elevará la calidad de la enseñanza, sin que exista una supervisión y evaluación efectiva de la dedicación y desempeño docente; se bonifica al personal docente y administrativo en forma indiscriminada sin evaluar su desempeño.
Se ha implantado una cultura de aprovechamiento de grupos o del financiamiento de la universidad. Hay camarillas que actúan como grupos de presión en la Asamblea General, Consejo Superior Universitario y juntas directivas de las facultades; se carece de autocrítica y se reprime a las personas que señalan los errores de la administración de esa institución.